GNOME Shellでは、GUIアプリのウィンドウのサイズをある程度の大きさにした状態で閉じると、次にそのアプリを起動した時に自動的に最大化されるようになっているので、余計なお世話だと思う場合は無効化する。
GUIで無効化する場合
Dconf Editorをインストール&起動して org > gnome > mutter > auto-maximize をFalseにする。
コマンドを使って無効化する場合
端末で以下を実行する。
gsettings set org.gnome.mutter auto-maximize false
設定を元に戻す場合は以下を実行する。
gsettings reset org.gnome.mutter auto-maximize